環境保全型農業直接支払交付金

事業の目的

農業の持続的発展と農業の有する多面的機能の健全な発揮を図るためには、意欲ある農業者が農業を継続できる環境を整え、国内農業の再生を図るとともに、農業が本来有する自然循環機能を維持・増進することが必要である。特に、環境問題に対する国民の関心が高まる中で、我が国における農業全体の在り方を環境保全を重視したものに転換していくとともに、農業分野においても地球温暖化防止、生物多様性保全等に積極的に貢献していくため、より環境保全に効果の高い営農活動が地域でまとまりをもって取り組まれるよう普及推進を図っていく必要がある。このため、自然環境の保全に資する農業の生産方式を導入した農業生産活動の実施を推進する事業を実施する農業者団体等に対する支援を行う。

現状・課題

・「みどりの食料システム戦略」の策定（2021年）や、「食料・農業・農村基本法」（平成11年法律第106号）の改正により「環境と調和のとれた食料システムの確立」が新しく基本理念として位置付けられたことに伴い、環境への負荷の低減に資する取組の重要性がより一層高まっており、地球温暖化防止や生物多様性保全等に貢献する持続可能な農業生産活動の実施を推進していく必要。／・環境保全型農業直接支払交付金については、実施面積が約9.1万ha（日本の農地面積：427万ha（R6））、実施市区町村数も894市区町村（全国の市区町村数：1,741（R6））にとどまっている。／・本交付金の対象者は農業者の組織する団体を基本としており、個人の農業者では支援を受けることが困難な状況。また、都道府県及び市区町村の費用負担が必要であり、地方財政措置が講じられているものの、予算措置が実施困難な市区町村も存在。さらに、実施面積の増加に伴い、予算額も増加する。／・特に、有機農業は取組の実施による単収の減少が取組推進のボトルネック（慣行栽培と比較した有機農業の単収（1～4年目:約75％、5年目以降:約90％）（農林水産省））。／・日本の温室効果ガス排出量11.35億トン（CO2換算。以下同じ。）のうち、農林水産分野による排出量が4,790万トン（2022年度）。（出典：国立環境研究所温室効果ガスインベントリオフィス「日本の温室効果ガス排出量データ」）／日本の温室効果ガス吸収量5,020万トンのうち、森林による吸収量が4,570万トン、農地・牧草地による吸収量が300万トン（2022年度）。

行政事業レビュー推進チームの所見

・予算の執行状況、アウトプットともに継続して良好であり、引き続き事業の効果的・効率的な実施に努めていただきたい。・公開プロセスの取りまとめコメントを踏まえた検討を行っていただきたい。

事業所管部局による点検・改善

令和６年８月に第三者委員会による本交付金事業の第２期（令和２年度～令和６年度）の最終評価の結果が公表され、本交付金については、農業現場での安定した環境保全型農業の活動を支えるために必要な事業として評価でき、また、地球温暖化防止や生物多様性保全等の効果があったと評価できるとされたところである。一方、令和７年度から開始する第３期対策に向けては、「交付金の効果的な運用に向けた見直し」、「申請者の負担軽減に向けた対応」、「トレードオフ解消に向けた対応」、「全国共通取組の見直しと地域特認取組から全国共通取組への移行」及び「令和９年度を目標とした更なる制度の見直し」について、検討を進めることとされたところである。このため、最終評価の結果を踏まえ、令和７年度から開始した第３期対策においては、主に以下の内容についての見直しを実施したところである。・単収が低く不安定な移行期の重点支援を図るため、有機農業の取組の交付単価を増額（12,000円/10a→14,000円/10a）・「長期中干し」や「冬期湛水管理」など、水資源の管理や生き物調査等の地域ぐるみの活動と併せて取り組むことで効果的な推進が期待できる取組を多面的機能支払交付金に移管・事務負担軽減のため、複数あった本交付金の報告様式を統一することによる簡略化や、市町村による有機農業の取組の現地確認を全数検査から抽出検査への見直しの実施・「堆肥の施用」、「緑肥の施用」及び「総合防除」に取り組む場合であって、主作物が水稲であるときは、長期中干しや秋耕等のメタン排出削減対策をセットで実施することを要件化・「堆肥の施用」について、水田からのメタン排出量が過剰に増えないよう堆肥の最低投入量を見直し・メタン排出削減対策として「長期中干し」を実施する際には、地域の生物相に応じ、地域単位では中干し時期の分散やビオトープの設置、ほ場単位では生物の避難場所となるビオトープの設置を行うなど、水生生物への影響緩和を努力義務として位置付け・「不耕起播種」について、第２期（令和２年度～令和６年度）中の取組実績を踏まえると、今後の本交付金による実施面積の拡大が見込めないことなどから廃止・地域限定で支援していた「総合防除」「炭の投入」について、取組地域が増加し、全国的な普及が見込めることから、新たに全国共通取組として設定することで、全国の農業者が取り組めるよう見直しを実施一方、本交付金については、実施面積が約9.1万ha、実施市区町村数も894市区町村にとどまっている。本交付金の対象者は農業者の組織する団体を基本としており、個人の農業者では支援を受けることが困難な状況。また、都道府県及び市区町村の費用負担が必要であり、地方財政措置が講じられているものの、予算措置が実施困難な市区町村も存在。さらに、実施面積の増加に伴い、予算額も増加する。特に、有機農業は取組の実施による単収の減少が取組推進のボトルネック。

改善の方向性

令和７年度から開始した第３期対策については、事業の見直し内容を踏まえて、引き続き、環境保全型農業の取組の普及・推進を進めていく必要。また、食料・農業・農村基本計画（令和７年４月11日閣議決定）において、「2027 年度を目標に創設する新たな環境直接支払交付金については、現行の環境保全型農業直接支払制度を見直し、みどりの食料システム法の認定を受けた農業者が先進的な環境負荷低減の取組を行う場合に、導入リスク等に応じた仕組みとすること、支援対象となる環境負荷低減の取組及び支援水準は、その取組の普及状況や技術開発等に応じて定期的に見直しを行うことを考慮しつつ検討する」こととされており、引き続き、検討を進めていく必要。